מיד לאחר הכרזתו המפתיעה של ראש הממשלה שרון הבינו אנשי גוש קטיף שהם צריכים להיות ראש החץ של תנועת ההתנגדות לתוכנית. זאת על אף שהם היו חסרי ניסיון ורצון לעסוק בתחומים פוליטיים. כך התארגן לו מטה המאבק של גוש קטיף אשר מראשית הדרך קבע לעצמו אסטרטגיה של פעילות עממית רחבה, לא אלימה, ומתוך אחריות לאומית קבע לעצמו את גבולות המאבק כדי להימנע מלהיגרר למלחמת אחים.
המאפיינים הבולטים של אופן המאבק של גוש קטיף היו מבצעי פנים אל פנים במשאל מִתְפַּקדי הליכוד, השרשרת האנושית והסרט הכתום.
אנשי המטה של הגוש פעלו גם בקרב תושבי גוש קטיף כדי שהם יישארו בביתם עד לרגע האחרון. זאת לא מתוך התעלמות מהסיכוי שהתוכנית אכן תצא לפועל, אלא מתוך הבנה שיש בכך לתרום רבות לעוצמת המאבק, והם עשו זאת מתוך מוכנות מלאה לשלם את מחיר ההפסד.

מטות פעולה אחרים – מובן שבמסגרת ההתנגדות פעלו גם כוחות אחרים. מועצת יש"ע הייתה החשובה והמרכזית בהם והובילה את הפעילות הפרלמנטרית והתקשורתית. אחת הפעולות המרכזיות של מועצת יש"ע הייתה המצעד לכפר מימון.
התא הכתום – במסגרת המאבק קמה גם לראשונה התארגנות סטודנטים אשר פעלה רבות במסגרת הקמפוסים וניסתה להביא את ציבור הסטודנטים הרחב לפעילות המאבק.
המטות המיליטנטיים – לצד הכוחות המרכזיים פעלו גם מטות נוספים שהתאפיינו בפעילות יותר מיליטנטית, כמו קריאה לסירוב פקודה, חסימת כבישים והתארגנות להתנגדות אקטיבית על הגג בכפר דרום.

בחירת הצבע הכתום – הפעולה הראשונה של מטה המאבק של גוש קטיף הייתה לארגן צעדה מגוש קטיף לירושלים. חברי המטה ביקשו מהנשים הפעילוֹֹת לבחור צבע לחולצות לצעדה. אחת הנשים הביטה מחוץ לחלון והבחינה בדגל המועצה הכתום שהתנופף בחוץ, והיא הציעה לבחור בצבע הכתום כי הוא בולט. הצעתה התקבלה. בהמשך אומץ צבע זה לפעולות נוספות של מטה המאבק עד שהפך לסימן המייצג של המאבק כולו.

משאל מִתְפּקדי הליכוד – בגלל ההתנגדות הציבורית לתוכנית החדשה שנתפסה כמנוגדת למצע הליכוד, הציע שרון לערוך משאל בקרב מִתְפּקדי הליכוד והתחייב לכבד את תוצאותיו.
מטה גוש קטיף בחר להוביל כיוון פעולה חדשני של הליכה מבית לבית. תוך זמן קצר התארגנו מטות בכל רחבי הארץ, יוצרו חומרי הסברה, ופותחה התנהלות לוגיסטית. בימי השיא עברו יותר מ-20,0000 איש מדלת לדלת.
ביום ההצבעה נרצחו על ציר כיסופים טלי חטואל וחמש בנותיה כשהן היו בדרכן לפעילות בקלפיות.
בסיום ספירת הקולות התברר שהתחולל מהפך, ושרון נחל תבוסה גדולה. למרות זאת שרון בחר להתעלם מעמדת מצביעי הליכוד ועקף אותם במה שכונה "פשרת ליבני". הוא העביר את ההחלטה בממשלה תוך שהוא מפטר את השרים אלון וליברמן כדי ליצור רוב לעמדתו.

השרשרת האנושית – לאחר שהתאוששו מהתדהמה ממעשהו של שרון –מחיקת תוצאות המאבק, הרגישו אנשי גוש קטיף שהם חייבים ליצור אירוע שונה לחלוטין מכל שהיה מוכר עד אז בישראל. מתוך מחקר שערכו על תנועות מחאה בעולם, הם הגיעו לרעיון השרשרת האנושית והחליטו לאמץ אותו. המיזם הזה תאם את תפיסת עולמם בדבר האמונה בחוזקה של מחאה בלתי אלימה הבנויה על השתתפות רחבה מאוד של הציבור.
בדיונים שקדמו להחלטה, טענו מומחי הפגנות שהמיזם מנוגד לכל העקרונות של הפגנה – ריכוז אנשים במקום אחד לשם יצירת תחושה של ציבור גדול. הם חששו שפיזור האנשים בשרשרת האנושית יגרום ל"חורים" גדולים בדרך, והתקשורת "תיתפס" דווקא למקומות אלו. אבל אנשי המטה היו נחושים לעשות משהו שונה, והם יצאו לדרך.
בהתחלה גויסו מתנדבים מקרב אנשי גוש קטיף ונרתמו הן להכנות הלוגיסטיות הרחבות, הן לגיוס פעילים מכל רחבי הארץ.
הרציונל של השרשרת היה בנוי על כך שכל מקום יקבל אחריות של חוליה בשרשרת, וכך ירגיש את השותפות שלו במאבק. רעיון זה "דיבר" לאנשים רבים גם לאלו שלא היו מורגלים בהפגנות.
אנשי המטה חרשו את הארץ וניסו לזהות בכל מקום גרעין של פעילים שיהא מוכן לקחת את הגיוס המקומי. נראה שהם נחלו הצלחה רבה, והתוצאות אף עלו על ציפיותיהם והוא התנהל באופן לוגיסטי מדהים וללא תקלות.
האירוע עורר גלים רחבים בארץ, אבל ראש הממשלה המשיך להיות נחוש לבצע את תוכניתו.

הסרט הכתום – לקראת יום העצמאות תשס"ה רצו במטה המאבק לצאת במבצע של תליית דגל על רכבים כאות להתנגדות, אבל מכיוון שלא רצו ליצור מצב של דגל חלופי לדגל המדינה, נבחר הרעיון של סרט כתום שיצורף לדגל ישראל.
לאור התגובות הנלהבות בציבור הוחלט להרחיב פעילות זו גם לאחר יום העצמאות. פעילים שונים לקחו את היוזמה הזו והניפו אותה. הם גייסו מתנדבים צעירים, ואלו התמקמו בצמתים מרכזיים בארץ וחילקו את הסרט הכתום. הפעילות זכתה לאהדה רבה. המראה של הכבישים המלאים בסרטים כתומים, ביטאה את ההתנגדות והבליטה את הטענה שאין תמיכה ציבורית גדולה לתוכנית של שרון. בסביבתו של שרון כבר עלו קולות שיש לדחות את הביצוע התוכנית בחודשים מספר.

פעילות מיליטנטית באותה תקופה שכללה פגיעה בפלסטינים בחוף גוש קטיף, קריאה לחיילי צה"ל לסרב פקודה וחסימת כבישים, פגעה בגל התמיכה בהתנגדות שייצג הסרט הכתום, ועודדה את גלי התמיכה בתוכנית ההתנתקות.

כפר מימון – מועצת יש"ע יזמה מצעד תמיכה מנתיבות אל גוש קטיף. היוזמה ביקשה לעורר התנגדות בקרב חברי הכנסת עקב החשש לקרע בעם.
לקריאת מועצת יש"ע התייצבו רבבות אנשים, נשים וילדים שפתחו במצעד לעבר גוש קטיף. הצועדים נתקלו בכוחות רבים של משטרה ושל צבא. לראשונה אף נעצרו אוטובוסים בדרך, ונמנע מהם לנוע לכיוון נתיבות. כמו כן, נעשה שימוש בחיילי צה"ל בתוך תחומי הקו הירוק כדי לסכל הפגה אזרחית.
הכוחות הרבים של המשטרה ושל צה"ל גרמו לכך שכל המשתתפים נכנסו לתוך תחומי המושב כפר מימון, והיו שם ב"מעצר" כמה ימים. בין השוהים במקום פרצה מחלוקת גדולה אם לפרוץ ולצעוד קדימה או להימנע מהסכנה הגדולה להיגרר לעימות ישיר עם חיילי צה"ל שעלול להגיע חס וחלילה לשפיכות דמים. בסופו של דבר החליטו ראשי מועצת יש"ע בגיבוי רבני הציונות הדתית לא לפרוץ. זאת אף שבמהלך הימים האלו יצרה ההנהגה תחושה שכן יפרצו. החלטה זו זכתה לביקורת קשה מאוד מן המשתתפים שהרגישו שהוליכו אותם שולל.

מאמין וזורע – בחודשים האחרונים של המאבק על גוש קטיף עמדו החקלאים בפני דילמה קשה אם להמשיך לשתול ולזרוע את שדותיהם או להפסיק. מצד אחד הפסקת הגידול הייתה פגיעה מורלית קשה במאבק, אבל מצד שני המשך הגידול היה כרוך בסיכון כלכלי ענק. מתוך כך עלתה היוזמה לגיוס המונים לתרומה ולתמיכה בחקלאי הגוש. יוזמה זו נקראה – מאמין וזורע.
היוזמה זכתה לתמיכה ציבורית רחבה מאוד (זאת עוד לפני ימי הפייסבוק והטכנולוגיות המאפשרות גיוס דרך האינטרנט). בתוך ימים ספורים הצליחה הקרן לגייס מיליונים רבים ובעזרתה המשיכו החקלאים לשתול ולזרוע.
הימים האחרונים – רוב אנשי גוש קטיף בחרו להישאר בבתיהם עד לרגעים האחרונים, היו אף שסירבו לארוז. חלק גדול מההנהגות היישובים סירב לשתף פעולה עם הממשלה בתכנון "היום שאחרי" משום שהממשלה דרשה למנף זאת לחתימות פומביות כחלק מהמאבק מתוך רצון "לרסק" את תנועת ההתנגדות.
אף על פי שתושבים רבים לא ידעו מה יקרה ביום שאחרי, הם היו מוכנים לקחת את הסיכון בסירובם לחתום. הם סברו כי כך נכון לנהוג מתוך אהבתם לאדמת גוש קטיף ואי רצון להשתתף באופן אקטיבי משהו בעקירתם בעל כורחם מאדמתם האהובה.
שירת הנערות – גם בימים האחרונים, כששררה מתיחות גדולה בשל השימוש המסיבי והכוחני של חיילי צ"הל, רוב רובה של ההתנגדות היה פסיבי. אחד הביטויים לכך שזכה לתיעוד מצמרר של העיתונאי רינו צרור, היה התכנסות נערות רבות בבית הכנסת האשכנזי בנווה דקלים; התכנסות שהפכה לשירה ותפילה מזוקקת עד שהן נלקחו אחת אחת על ידי חיילות צהל.
הגג בכפר דרום – היה חלק קטן מציבור המתנגדים שרצה לבטא התנגדות אקטיבית יותר. מפגינים אלו התרכזו ביישוב כפר דרום. חלק מהנערים עלו לגג בית הכנסת והתנגדו באופן פיזי לניסיונות להוריד אותם מהגג. בעקבות כך עלתה הטענה שהנערים שפכו חומצה על חיילי צהל. לטענה זאת לא נמצא שום ביסוס עד היום, ובעת כתיבת שורות אלו מתקיימת תביעת דיבה נגד דן חלוץ על אמירתו זאת.
התנהלות תושבי גוש קטיף ותומכיהם בימי העקירה – האווירה התקשורתית נתנה תחושה שצפויה התנגדות אלימה מאוד. גם ההיערכות הצבאית התנהלה באופן כזה. רבים תפסו את ההחלטה של תושבים רבים להישאר בבתיהם עד הרגע האחרון ביטוי לכך שתהא התנגדות אלימה ולא הבינו כלל את המניעים ואת האופי של תושבי גוש קטיף ותומכיהם.
למרות הפוטנציאל הגדול של התלקחות של התנגדות אלימה, ברוב רובם של המקרים בחרו תושבי הגוש לצאת מביתם בלב קרוע אך בראש מורם – זאת בשל קבלת ההחלטה הציבורית הרשמית אבל מתוך אמונה שעם הנצח לא מפחד מדרך ארוכה, ועוד לא נאמרה המילה האחרונה בכל הנוגע ליחס בין עם ישראל לחבל עזה.
חורבן בתי הכנסת – בתוכנית המקורית תכננה הממשלה להחריב את בתי הכנסת. גלעד קורינאלדי הצליח להניע תנועת מחאה של רבנים מהארץ ומכל העולם ולערב את בג"ץ כדי לבטל תכנון זה. אומנם, בסופו של דבר נמנעה הממשלה להרוס בעצמה את בתי הכנסת, אך למרות קדושתם הם נחרבו מיד בידי תושבי עזה לאחר היציאה של צה"ל מהמקום בח' באלול תשס"ה.